Ботанический сад Тартуского Университета был основан в 1803 году на месте современного парка на улице Тийги. Основателем ботанического сада и его первым управляющим был профессор Готтфрид Альбрехт Германн. Он перенес сад на его нынешнее место, где когда-то у старой городской стены располагался вал бастиона. В 1811 году директором Ботанического сада был избран профессор естествознания Карл Фридрих Ледебур, добросовестно исполнявший возложенные на него обязанности в течение двадцати пяти лет. Благодаря его энергии и энтузиазму сад разрастался и достиг сегодняшних размеров (3,5 га). Была построена первая оранжерея для тропических растений, организовано множество экспедиций. В последующие годы здесь работали такие известные ботаники как Эрнст Рудольф Траутветтер, Карл Иванович Максимович, Александр Георгиевич Бунге, Теодор Липпмаа. Мемориальные плиты на стене здания Института ботаники и экологии, а также памятники в парке хранят память о них.