Lüganuse kirik on pühitsetud Ristija Johannesele. Kuigi juba Taani hindamisraamat teatab Lüganusel põllumaad omavast preestrist, toimub kiriku kirjalik esmamainimine alles 1373. a. Pikihoone sai oma praeguse kuju ilmselt 14. sajandil.
Eestis ainuesinevad otsaviilude kaunistusi varjavad 15. sajandist pärinev altariruum ja Eestis haruldane ümartorn.
1595.aastal seisid kiriku raud ustel veel Taube vapp, keda arvatakse olevat kiriku rajaja. 1689.aastast mainitakse ehitajaks Kurt e. Johan Lygenhusen.
Põhjasõjas jäi kirik puutumata, kuna keegi oli uksele kinnitanud venekeelse sedeli: "Selle maja, mis pühendatud Kristusele, jätab iga kristlane õiglaselt terveks."
1941. a. süttis kirik sõjategevusest. Tuhaks sai kõik, mis ei olnud kivist. Kogudus taastas kiriku 1951. a. Tornikiiver sai algse kuju tagasi 1987. a.
1995. a. valmis kunstnik R.Hütti altarivitraaþ "Kristuse taevaminek" ja aasta hiljem altariruumi lõunaakna vitraaþ. Kirikut ümbritsev vana surnuaed on ilmselt kogudusega ühevanune.
Kuituurilooliselt väärivad märkimist 1694. a. koguduse juurde asutatud köstrikool ja 1855. a. tänini tegutsev kirikukoor, mis on üks vanimaid Eestis.
1788-1795. a. oli koguduse õpetajaks tuntud kirja- ja keelemees Otto Wilhelm Masing. 1973-1985. a. teenis kogudust hilisem piiskop Heinar Soone.