Emajõe-Suursoo on riikliku looduskaitse all 1981.aastast.

 Tartu maakonna idaosa Kallastest Mehikoormani asub Peipsi nõos. Maapinna kerkimise tõttu Eesti põhjaosas on järv nihkunud lõuna suunas, ujutades üle lõunapoolseid kalda-alasid. Peipsi järve keskmine veetase on 30 m ü.m.p. Järve madalad (kohati ainult 1 meeter veepinnast kõrgemal) tasased kaldaalad on suurvee ajal kaua üleujutatud, mis mõjutab tugevasti taimestikku ning kogu maastiku ilmet. Emajõe-Suursoo on üks Tartumaa vanimatest soodest.

Emajõe-Suursoo on oma olemuselt soostik Emajõe suudmealal, mis koosneb Jõmmsoost, Suursoost, Varnja ja Pedaspää soost ning Meerapalu rabast. Soostiku pindala on ligikaudu 25000 ha, sellest 7000 ha on üleujutatav. See on pindala suuruselt viies Eesti soostik. Soostikus on 80 "soosaart" ja 8 järve.  Emajõe-Suursoost lõunasse jäävad ulatuslikud Peravalla metsad. Inimesele ebasobivate tingimuste tõttu on inimasustus hõre ning tänapäeval koondunud peamiselt järve rannikule, kuigi Tartumaa vanim (I a.t. II pool e.m.a.) seni teada olev asulapaik oli keset Suursood Akalis. Muistne asulakoht on umbes 3 meetri paksuse turbakihi alla mattunud.

Emajõe-Suursoo põhiline väärtus on märgade elupaikade suur mitmekesisus. Sellised looduslikud elupaigad on mitmetes Euroopa maades loomade-lindude elupaikadena hävitatud. Erinevad sootüübid, soosaared, jõed ja järved on kasvukohaks paljudele taimeliikidele, mille hulgas haruldasemad on siberi võhumõõk, kiirjas ruse, villane katkujuur ja sinine emajuur. Emajõe Suursoos on Eesti kõige suuremad jõhvikavarud.

Emajõe Suursoo ja sellest mitte kaugel asuv Piirissaar koos Peipsi kaldaroostike ja luhaaladega on sobivaks pesa- ja toitumispaigaks meri-, kala-, kalju- ja konnakotkastele, must-toonekurgedele, partlastele, luikedele, neppidele, rukkirääkudele ja paljudele teistele linnuliikidele. Oma soodsa asendi tõttu lindude rändeteel on Emajõe Suursoo arvatud rahvusvahelise tähtsusega linnualade hulka. 1997. aastal kinnitati Emajõe Suursoo Eesti Vabariigi Valitsuse määrusega rahvusvahelise tähtsusega märgalaks ehk Ramsari alaks.