Esimesed kirjalikud tõendid Abja Mõisa kohta pärinevad 1582 aastast.

Aadliperekond Stackelbergid jäid viimasteks omanikeks enne Eesti Vabariigi sündi ja just nende valitsemise ajal ehitatigi välja praegune mõisa süda. Kerkis kivist häärber, ait, tõllakuur ja mitmeid teisi võimsaid hooneid. Kaunistati maalingutega lagesi ja seinu. Rajati uhke park.
Eesti Vabariigi ajal ehitati häärber ümber kooliks ja sisse seadis ennast Abja Ühisgümnaasium. 1930 kolis hoonesse Halliste Kodumajanduse Täienduskool. Seejärel, juba okupatsiooni aastatel, kasutas ruume Abja Põllumajandus-Linnukasvatuskool ja aastast 1957 oli endises Abja mõisas Abja Lastekodu. Taasiseseisvunud Eestis oli aastatel 1992-2003 mõisas Abja piirvalvekordon.
Aastast 2007 ostis Abja Rüütlimõisa südame perkond Kolk.

Stacelbergide käes oli Abja mõis 123 aastat. Pärast Friedrich Adolph Stackelberg-i surma päris mõisa tema poeg Georg Gotthard Baron Stackelberg. 1846-ndast aastast aga pojapoeg Reinhold Johan Woldemar Baron Stackelberg. Viimaseks mõisnikuks enne mõisa riigistamist jäi Karl Charles Adam Eduard Stackelberg.
Nii nagu elus ikka ette tuleb, olid ka eri põlvkondade Stackelberg-id väga erinevad inimesed. Kui Friedrich Adolph oli väga julm ja halastamatu mees siis järgnevad põlvkonnad olid vastupidi – väga heades suhetes talurahvaga. Töölistele anti kooliharidust, edendati kultuuri ja aidati raskeid aegu üle elada. Abjat loetakse varajase talude päriseksostmise tõttu ka Eesti kapitalismi sünnikohaks. Eks näidanud ka see mõisniku meelsust. Igatahes 1923-ndal aastal, kui mõis oli juba riigistatud, ei leidunud ühtegi talupoega ega teeniat, kes oleks läinud härrat häärberist välja tõstma. Samas kogu mõisakompleksi nii hooned kui ka pargi rajas just see esimene, kuri Friedrich Adolph.

Üks olulisemaid Abja Mõisa osi on, alates XVIII sajandi lõpust, Abja Mõisa Park. Veel praegugi võib kohata häärberi ümbruses pea kolmesaja aasta vanuseid tammesid, mis teeradu ääristasid, andes aimu varajastest loomisjoontest. Need tammed mäletavad kindlasti ka Venemaa tsaari Katariina II külaskäiku, kellele Abja mõisa juures just häärberi ümbrus olla väga meeldinud. Pargi tõeline kujundamine sai aga hoo sisse XIX sajandi alguses, kui kutsuti selle jaoks Saksamaalt kohale Johann Friedrich Semich. Kaevati tiigid, kujundati poolsaared, ehitati sillad ja kaks paviljoni. Kasvatati hulgaliselt eksootilisi puid, mis kasvuhoonetest kevadeti välja toodi. Istutati rohkelt puudegruppe. Loomulikult ei puudunud ka grott ega viljapuuaed.