Esimeseks kirikukihelkonnaks Rae valla territooriumil oli Vaskjala kihelkond, kuhu 1223. aastal püstitati esimene kirik. Kiriku täpne asukoht ei ole fikseeritud, kuid 1401. aastal asus kirik juba oma praeguses asukohas. Kuna kirik oli pühendatud pühale Jürile tulenesid sellest ka tänapäevased nimed - Jüri kirik, Jüri kihelkond ja Jüri asula. Vanast kirikust on asjaarmastaja joonistus, mis annab ettekujutuse, milline praeguse kiriku 1884. aasta augustis vundamendini mahalammutatud eelkäija Jüris välja nägi. See oli, tõenäoliselt 14. sajandi keskpaiku ehitatud, kolme kandekonsooliga nelinurkse viilutorniga ühelööviline, kolmetraveeline, nelinurkse kooriruumiga hoone. Tornikellad (vanim on hiliskeskaegne), kaks renessanssstiilis kroonlühtrit ja veel teisigi kirikuriistu on vanast pühakojast alles, samuti üks keskaegne hauaplaat peaportaali mademena ja teine, hilisem, eeskoja põrandas.
Vana Jüri kirik oli mõõtmetelt umbes 23,5 meetrit pikk ja 8,5 m lai.

Praegune Jüri kirik ehitati parun Friedrich Axel von Howeni 1884. aastal valminud projekti järgi samasse paika, kus l oli seisnud keskaegne pühakoda. Nurgakivi pühitsemise teenistus peeti 28.aprillil 1885 ja kirik pühitseti 15. detsembril 1885. Jüri kirik on nii välis- kui ka sisearhitektuurilt neogooti ehitus.
1914 ehitati mõisnike konvendi poolt kirikule plekk-katus. Suuremad remondid toimusid veel 1935,1946 1957 ja 1969. Lae värvilahendus - võlvid sünkjassinised mustjaspruuniga on 1935. aastast.

Vana kiriku orel oli ehitatud 1853 orelimeister Normanni poolt, 1916 ehitati orel A. Terkmanni poolt suuremaks.