Jaama mõisa (Jama) kohta on esimesi teateid 1597. aastast, mil see läänistati kastellaan (linnuseülem) Georg Schenkingile. 1601.a. anti Jaama mõis Tartu linnale, kuid sai 1630.a Rootsi riigi omaks.

1639.a. andis kuninganna Kristiina selle von Stiernhjelmile. Pärast Põhjasõda oli Stiernhjelmide suguvõsa 1733.a. sunnitud mõisa maha müüma ja Tartu linn ostis selle taas tagasi, hoides seda edaspidi enamasti rendil. Linna majandada oli Jaama mõis veel 1930ndatel aastatelgi. 1928.a. asuti siin kasvatama eesti punast tõugu karja, mis varustas piimaga linnahaiglaid, vanadekodusid ja turgu. Jaama mõisal oli sellal ka suur aed (10 ha) puukoolide ja mitme kasvuhoonega. Seda kasutasid õppeaiana Tartu Aiandus-mesinduskool ja Tartu Naisseltsi majapidamiskool.

Jaama mõisa praegune klassitsistlikus stiilis ühekorruseline puidust peahoone (Puiestee t. 126) valmis 1847.a., keldri võlvlagedest aga nähtub, et hoone koht on märksa vanem. Hoone asub Emajõe järsul veerul ja seepärast annab fassaadile ilmet kõrge sokkel. Peafassaadi keskel asuv väike veranda on arvatavasti ehitatud 19. saj. lõpul või 20. saj. algul. Nõukogude ajal asus mõisa peahoones sõjaväe lasteaed, mis kolis välja 1992.a. 1990ndate keskel härrastemaja restaureeriti, põhiliselt Hollandi ja Shoti heategevusorganisatsioonide, aga ka Tartu linna abiga. Kaasajal tegutseb hoones Tartu Maarja Kool (endine puuetega laste kool-kodu).

Enne Jaama kaupluse ehitamist oli härrastemaja esisel nõlvakul säilinud kena mõisapark. Järele jäänud kõrghaljastus rõhutab veel nüüdki hoone majesteetlikkust, andes meeldiva aktsendi kogu nõlvakule. Pargiservas voolab Juudaoja ehk Jaamamõisa oja; Puiestee tänavast alates on see kanaliseeritud.