Juuru kogudus peab oma kiriku sünniaastaks ja koguduse asutamise ajaks aastat 1238, mida tähistatakse igal aastal septembrikuus, Mihklipäeval. 13. sajandi viimasel veerandil rajati esimene kivikirik.
Algselt oli Juuru kirik pühitsetud Pühale Jürile. Peaingel Miikael, rahvapäraselt Mihkel, on olnud Juuru kaitsepühakuks arvatavasti alles reformatsioonijärgsest ajast.
1847. aastal ehitati keskaegsele kirikuhoonele uusgooti stiilis 42,4 meetri kõrgune läänetorn. Viimane põhjalik ümberehitus teostati aastatel 1893-1895 Eestimaa kubermanguvalitsuse arhitekt Ervin Bernhardti projekti järgi.
1924.a suvel asetati Juuru kiriku altariruumi seintele tahvlid I maailmasõjas ja Vabadussõjas langenud Juuru kihelkonna sõjameeste nimedega (vastavalt 87 ja 23 nime).
1936. aastal oli kirikuhoones suurem remont. Remonditud kiriku õnnistas sisse piiskop Hugo Bernhard Rahamägi sama aasta Mihklipäeval.
1937, 18. juulil toimus Juurus Ida-Harju praostkonna I vaimulik laulupäev.
1964. aasta kevadel sai kiriku torn pikselöögi. Tulekahjus hävis torni kiiver, mis taastati endistes vormides, kuid veidi lühemana 1968. aastal.
Kirikut ümbritseb kirikuaed. Selle lõunaväravas asub päikesekell, millega moodustab kirik koos pastoraadiga (18. sajand) ühtse ansambli. Säilinud on viis kivist rõngasristi, mis on kuulunud ilmselt eesti vabatalupoegadele.Vanim hauatähis kirikuaias on aga maltarist, mis pärineb 1652. aastast. Kirikuaias asuvad endise aadelkonna ja kirikuõpetajate matusepaigad. Teiste hulgas on siin Mahtra sõja aegse mõisaomaniku Constantin von Helffreichi haud ja ümber maailma sõitja admiral Adam Johann von Krusensterni onu ja ta pere matusepaik.

Kirikus toimuvad Juuru Orelisuve igasuvised kontserdid, kus esinevad interpreedid kodu- ja välismaalt.
Avatud suvekuudel R-P kl. 12-18, muul ajal ettetellimisel.