Praeguse kiriku kohal või läheduses asunud Pindi Jaani kirikust räägitakse juba XVII saj. Põhjasõda hävitas selle puust hoone. 1861.a anti õpetaja Friedrich Hollmannile käsk vähendada väga suurt Rõuge kogudust uue koguduse asutamisega. Fr. Hollmann eraldas Roosa kandi üheks ja Pindi ning Leevi vallad teiseks uueks koguduseks. 8. oktoobril 1861.a (vana kalendri järgi) pühitseti Pindi mõisa äärealale uue koguduse 4,19ha suurune surnuaed. Kingitud ja korjatud rahaga osteti Saksamaalt kell pealkirjaga "Soli Deo gloria" (ainult Jumalale au). See püstitati puupostidele ja pühitseti 26. mail 1863.a. (v.k.j.).

Kiriku ehitamiseks saadi luba ja ehitusmeister Mühlhausen tegi ehitusplaani. Tööd takerdusid 1878.aastani. 1879.a. tabas eriti Pindi valda raske kõhutõbi, peaaegu igas talus oli surma läbi lahkunuid. Vaatamata sellele palusid peremehed õpetajat, et kirikut edasi ehitataks. Peagi liitusid nendega Kääpa, Leevi, Orava, Lasva, Loosi, Vastse-Koiola, Vana-Kasaritsa ja teiste külade elanikud. Seinad otsustati teha maakividest, torn telliskividest, puumaterjali lubasid anda ümberkaudsed mõisnikud. Kõik tööks vajaminev veeti kokku hobustega.

19. mail 1880.a (v.k.j.) pandi kirikule nurgakivi. Kiriku pühitsemine toimus 6. oktoobril 1881.a (uue kalendri järgi). Osavõtjaid oli väga palju, müüdi üle 3000 laululehe. Kirik alustas tööd Rõuge abikirikuna. 26. oktoobril 1903.a (v.k.j.) pühitseti vendade Kriisade ehitatud uus orel.

18. septembril 1935.a tunnistas Konsistoorium Pindi abikoguduse iseseisvaks koguduseks. Lõikustänupühal 1939.a pühitseti valminud kogudusemaja ja jaanipäeval 1973.a pühitseti Pindi koguduse õpetaja elamu.

Kirik sai II maailmasõja ajal uue eterniitkatuse, tornikiiver (1968) plekkkatuse, kirik (1982) laudpõranda, (1998) uue peaukse jne. Surnuaiale osteti 1999.a 6,9 ha lisamaad. Pindi kalmistul on Vabadussõja kangelase, kapten Fr. Vreemanni haud ja kaunis mälestussammas.

Pindis on tegevad olnud õpetajad Friedrich Hollmann, Traugott Hahn, Rudolf Kallas, Franz Hollmann, Aksel Kallas, Valter Viks, Karl Puusemp, August Arumäe ja Laine Villenthal, hooldajaõpetajad Edgar Vaikmäe ja Andres Mäevere, diakon Rene Alberi, jutlustajad Friedrich Peters ja Hilja Puusemp.