Padakõrve looduskaitseala on loodud mõhnastiku kaitseks. samuti kaitstakse erinevaid metsade kasvukohatüüpe. Rikkalik on kaitseala linnustik, teiste seas elutsevad Padakõrve LKA-l väike konnakotkas, siniraag, valgeselg-kirjurähn, kassikakk ja metsis. Loomastikust väärivad kaitset laanekuklased.

Looduskaitsealal on kaitse alla võetud laanekuklase asurkond, mis asub Alatskivi metskonnas Mäike vahtkonnas (ala hõlmab nii Tartu kui ka osa Jõgeva maakonna territooriumist). See on Eesti esimene metsakuklaste kaitseala (rajatud 1964. aastal).

Kaitsealusel erinevate metsatüüpidega territooriumil (500 ha) on ligikaudu 1500 pesakuhilat. Suuremad pesad on üle 1,5 meetri kõrged ning pesaaluse läbimõõt on enam kui 2,5 meetrit. Eestis elavad metsakuklaste neljast liigist kolm (ühed neist on laanekuklased) ning kõik need on Euroopa punase raamatu ohustatud liikide nimekirjas. 1998. aastal on koostatud nn. Padakõrve looduskaitseala kirjeldus, kaitse-eeskiri ja välispiiri kirjeldus.
Sipelgate kaitseala võimaldab uurida keeruliste sotsiaalsete suhetega liiki, anda materjali sipelgate siirdamiseks uutele aladele ning pakkuda loodusharidust huvilistele ja turistidele.