Võru Ekaterina kiriku ehitamist alustati 1793.aastal keisrinna Katariina II valitsemise ajal. Projekteeris arvatavasti Liivimaa kubermangu arhitekt M. Schons, ehitusmeistriks oli kohalik elanik Johann Karl Otto. Kiriku ümber ehitati soliidne piirdeaed. Ristkülikukujulise põhiplaani, toeka kellatorni, kõrgel asetseva kuplitaolise haritorniga kirikut kaunistavad kaaraknad petikniššides. Stiililt barokielementidega varaklassitsistlik kultusehoone mahutab kuni 1000 inimest. Kirikul on 2 suurt ja 2 väikest kella. Kiriku sissepühitsemine toimus 06.novembril 1804.aastal Riia arhimandriit Benedikti poolt püha suurkannataja Ekaterina auks ja kannab tema nime.

Kiriku ülalpidamiseks andis riik talle 1870.aastal Võrumõisa hooned, loomad, inventari ja maad 248 ha, nii et kiriku valduse piirid ulatusid Mustjärvest Kirumpää kantsini. Ühtlasi lubati kirikul püüda kala Tamula ja Vagula järvest. 1922.aastal võõrandati riigi poolt suurem osa kiriku maast, alles jäi 72 ha, 1944.aastal vähendati maavaldust 14 hektarini, 1949. võeti seegi maa ära koos sinna külvatud rukkiga. 1933.a ehitas kogudus Võru surnuaiale väikese Püha Vaimu kabeli.

Esimene Eesti rahvusest vaimulik Võrus oli diakon Aleksei Allik, kes teenis aastatel 1880-1886, ülendati siin preestriks ja oli hiljem Saare praost. 1904.a tuli preestriks Joann Sepp, ülendati siin ülempreestriks ja ta teenis aastani 1931. Tal tuli üle elada I maailmasõja raskused koos diakon Joann Randverega, kes asus kiriku teenistusse 1916.aastal ja pühitseti siin preestriks 1922.

II maailmasõda ja sellele järgnev tuli üle elada ülempreester Joann Randverel. Ülempreester Joann Randvere teenis kokku 60 aastat Võru kogudust. Pikka aega olid eakale preestrile abiks diakon Semeon Aim ja köster August Iva.

1976.aastal tuli koguduse preestriks iguumen Antoni Kaseküli, kes alustas kohe remondiga - vahetati katus ja põrandad, hoone krohviti ja värviti nii seest kui väljast. Remont kestis 7 aastat ja oli suurte kulude tõttu kogudusele küllaltki raske. Iguumen Antoni teenis kogudust 15 aastat.

1999.aasta septembris leidsid restaureerijad kiriku ristimunast laeka, milles oli ülempreestri Joann Jelenini 17.juunil 1854 kirjutatud kiri, kus ta annab ülevaate õigeusu levikust Võru maakonnas, tolleaegsetest kirikutegelastest, Võru eluolust (linnas oli siis 110 maja ja 1340 inimest). Laekast leiti veel kolm ajalehte Severnaja Ptšela aastast 1854, Eesti rahva kalender 1854, Riiast 1848.aastal trükitud aabits, kolm eestikeelset õigeusuteemalist trükist ja 22 vaskmünti. Dokumendid anti üle Võrumaa Muuseumile.